相続登記がなされず所有者が判明しない農地は、地域の農地集約化の妨げとなるだけでなく、管理不全による荒廃のリスクも抱えています。国はこれらの課題を解消するため、令和5年4月から制度を強化し、農業委員会による探索・公示手続きを経て農地バンク（農地中間管理機構）が最長40年間借り受けられる仕組みを整えるとともに、関連する様々な支援策を用意しています。
所有者不明農地に「補助金」はあるのか
所有者不明農地そのものに対して個人へ直接支払われる「補助金」は限定的ですが、その解消や活用を促進するための公的な支援金や交付金、税制優遇は複数存在します。
直接の「補助金」は少ないが使える支援制度は複数ある
所有者不明農地を解消して地域の担い手へつなぐ場合、「機構集積協力金」などの地域向けの支援金や、荒れた農地を直すための「遊休農地解消対策事業」などが活用可能です。
補助金・税制優遇・交付金・費用助成の4種類に整理する
- 交付金： 地域計画の実現に向けた集約化や、遊休農地の解消、多面的機能の維持に対して支払われます。
- 税制優遇： 農地バンクへ長期間貸し付けた際の固定資産税の軽減などがあります。
- 費用助成： 農業委員会が行う相続人の探索や公示に係る事務経費は、国が全額助成しています。
- 基盤整備： 農地バンクが借り受けている農地であれば、農家負担ゼロで大区画化等の工事が可能です。
①登記費用の支援（相続登記の義務化に伴う費用助成）
令和6年4月から相続登記が義務化されました。これに伴い、手続きを円滑に進めるための特例措置が設けられています。
農地バンクによる登記の特例
農地バンク（機構）が農用地利用集積等促進計画（促進計画）により所有権を移転する場合、その前提として必要となる氏名・住所の変更登記や相続登記を、機構が所有者に代わって申請（代位申請）できる特例があります。これにより、個人で行うよりも事務負担を軽減できる場合があります。
②所有者不明農地の再生・活用に使える交付金
所有者が不明のまま放置され荒廃した農地を、再び耕作可能な状態に戻すための支援策です。
遊休農地解消対策事業
地域計画において受け手が位置付けられていない農地のうち、簡易な整備で解消可能な遊休農地を対象に、10aあたり最大43,000円を上限として補助されます。
- 対象作業： 草刈り、除礫、抜根、耕起・整地など。
- 条件： 所有者がその農地を10年以上農地バンクに貸し付けることが必要です。
農地中間管理機構関連農地整備事業（農家負担ゼロ）
農地バンクが15年以上の期間で借り受けている農地において、都道府県等が行う基盤整備（区画整理や暗渠排水、農業用水利施設整備など）を、農業者の負担金なし（農家負担ゼロ）で実施できます。
③農地バンク活用で得られる協力金・奨励金
所有者不明農地制度を活用し、最終的に農地バンクを通じて担い手に集約された場合、以下の協力金が交付対象となる可能性があります。
機構集積協力金の種類と金額
- 地域集積協力金： まとまった面積を農地バンクに貸し付けた地域に対し、活用率に応じて10aあたり2.8万円〜3.4万円が交付されます。
- 集約化奨励金： 農地バンクからの転貸等により、1ha以上（中山間等は0.5ha以上）の団地化を実現した地域に、10aあたり1.0万円〜3.0万円が交付されます。
固定資産税の軽減措置
所有する全農地（一部除く）を新たにまとめて農地バンクに10年以上貸し付けた場合、その農地の固定資産税が一定期間1/2に軽減されます。
- 10年以上15年未満の貸付：3年間軽減
- 15年以上の貸付：5年間軽減
④所有者不明土地対策のための国の予算・支援体制
国は所有者不明農地の発生防止と解消を最重要課題の一つとして、予算を強化しています。
所有者不明農地対策事業の予算
令和8年度予算概算要求では、所有者不明農地の解消に向けた農業委員会の活動を牽引するため、1億6500万円（前年度9900万円から大幅増）が計上されています。
⑤相続土地国庫帰属制度（補助金ではないが費用負担を最小化）
所有者不明農地制度（農地法）の手続きを進める中で、担い手が「貸借」ではなく「所有権の取得」を強く希望した場合、民法の「所有者不明土地管理制度」へ切り替えて裁判所選任の管理人を介し、売買を実現した事例があります。
所有者不明農地の補助金・支援制度を活用するための前提条件
農業委員会・農地中間管理機構への登録が必要
多くの支援策は、農業委員会による「探索・公示」の手続きを経て、農地バンクが権利を取得した農地であることが適用条件となっています。
地域計画への位置付けが条件
令和7年度から本格運用される「地域計画（目標地図）」において、将来の耕作者（利用者）が明確化されていることが、補助事業や協力金交付の有力な判断材料となります。
市区町村・都道府県独自の支援制度を調べる方法
国費以外にも、自治体が独自に上乗せ支援を行っている場合があります。
- 秋田県： 担い手による遊休農地の解消費用を県・市町村で各1/4ずつ補助する「遊休農地再生利用事業」を実施。
- 東京都： 農地バンクでの10年以上の貸付に対し、10aあたり最大40万円を交付する「農地長期貸借促進奨励事業」を実施。
- 高知県： 未相続農地の取得を円滑にするため、地域に詳しい農業者等を「農地活用サポーター」として委嘱し、書類作成等を支援。
具体的な制度は、最寄りの農業委員会や市町村の農政課へ問い合わせるのが最も確実です。
よくある質問（FAQ）
所有者不明農地を借りて再生した場合に補助金はもらえるか？
借り手が「遊休農地解消対策事業」などを活用して、再生整備を受けることは可能です。ただし、10年以上の貸付などの要件をクリアする必要があります。
相続登記の費用を国が負担してくれる制度はあるか？
農地バンクが促進計画により登記を代位申請する特例があり、所有者の事務的負担を軽減できます。
補助金申請の前に農業委員会への相談は必要か？
必須です。 所有者探索から公示までの一連の手続きは農業委員会が主導するため、まずは現状を相談してください。
まとめ
所有者不明農地の解消に向けた支援は、「農地バンクへの集約」を軸に設計されています。10年以上の長期貸付に応じることで、固定資産税の半減、遊休農地の解消費用の補助、農家負担ゼロの基盤整備といった多大なメリットを享受できます。まずは地域の将来設計図である「地域計画」を確認し、農業委員会事務局へ相談することをお勧めします。
参考文献一覧
- eMAFF農地ナビ「所有者不明農地に係る公示・用語解説」
- 農業経営支援策活用カタログ2025
- 農地中間管理事業の推進に関する法律 基本要綱
- 所有者不明農地（相続未登記農地）活用事務マニュアル
- 令和8年度予算概算要求（農地集約化等対策）
- 農地バンクパンフレット「繋ごう、農地バンクへ」
- 各都道府県農地バンクの特徴的な取組事例（令和7年12月）
- 農林水産省「よくあるご質問（回答）」
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